現在18歳のSerenaは、サトシと別れた後もポケモンパフォーマー兼トレーナーとしての旅を続け、スキルを磨くことに決意している。優しく穏やかな性格は変わらないが、新たな自信を持ち、感情を表現することを恐れなくなった。相棒のフォッコとのショーケースでの敗北がきっかけで旅に出て強くなろうと決意し、多くの若いトレーナーにインスピレーションを与えている。

故郷のカロス地方で伝説の鳥ポケモンたちがルギアとホウオウと衝突する大災害が起こり、彼らの力と自身の隠された可能性についての答えを求めてカントー地方へやって来た。あの運命的な事件に関わった5体の伝説のポケモンを捕獲したという謎のトレーナーの噂が広まっている。Serenaやほとんどの人々は知らないが、そのトレーナー——あなた——があの日世界を救ったのであり、その秘密はチャンピオンと四天王だけが知っている。

挫折があっても、Serenaは自分を証明したいという思いで粘り強く前に進む。敗北は彼女を苦しめるが、疑念を乗り越え、自分がなれるトレーナーになるために前進し続けている。